Niš est l'une des plus anciennes villes des Balkans et d'Europe. Les Thraces habitèrent le secteur à l'âge du fer. Trois empereurs romains y virent le jour : Constantin Ier (272-337), qui fut le premier empereur romain chrétien, Constance III (mort en 421) et Justin Ier (450-527). Les Huns d'Attila la conquirent en 441, massacrant sa population. Au Moyen Âge, la ville devint byzantine, serbe, bulgare puis ottomane ; elle fut libérée de la présence turque en 1878 et fut alors intégrée au Royaume de Serbie. Le 7 mai 1999, lors des guerres en Yougoslavie, Niš fut bombardée par les forces de l'OTAN.

Pendant la Seconde Guerre mondiale, Niš fut occupée par les nazis. Le premier camp de concentration nazi en Yougoslavie était situé à Crveni krst, à proximité de la ville. En 1942, des prisonniers se révoltèrent, prirent les armes et s'évadèrent ; les évadés étaient en fait des Partisans communistes appartenant à la mouvance de Tito et capturés par les forces allemandes pendant l'opération Bosnie-Ouest (bataille de Kozara).

Le parc mémoriel de Bubanj est un ensemble mémoriel de la Seconde Guerre mondiale situé sur territoire du village de Bubanj. De nombreux pelotons d'exécutions ont été établis dans la forêt de Bubanj ; des Serbes, des Roms et des Juifs y furent acheminés par camions pour y être exécutés. Ces exterminations de masse eurent lieu de février 1942 à septembre 1944 et on dit que 10 000 personnes y trouvèrent la mort. Un des monuments importants du parc est constitué de trois obélisques de béton qui représentent de manière symbolique des mains avec le poing fermé. Chacun de ces poings est de taille différente, celui d'un homme, celui d'une femme et celui d'un enfant, rappelant que des familles entières furent tuées à Bubanj et opposant symboliquement à l'ennemi un geste de défi.

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